藏醫(yī)藥理論研究涉及藏醫(yī)基礎(chǔ)理論、藏醫(yī)藥文化、藏醫(yī)藥特色診療方法介紹、藏醫(yī)與中醫(yī)理論比較研究等多個方面。其中，《中國藏醫(yī)藥》雜志作為藏醫(yī)藥專業(yè)期刊，共發(fā)表24篇相關(guān)論文。

基礎(chǔ)理論的研究主要集中于藏醫(yī)生理、病因病機、診斷等方面，多學科的研究方法應用較多。青海大學醫(yī)學院承擔國家自然科學基金項目“基于宏觀表象和微觀指標相結(jié)合的藏醫(yī)血隆病機理研究”，對“血隆病”（類似于現(xiàn)代醫(yī)學的高血壓）的發(fā)病機制進行研究，發(fā)表3篇學術(shù)論文：彭毛卓瑪?shù)摹堆〔∥墨I研究和專家調(diào)查情況》（《中國民族醫(yī)藥雜志》第4期）、童麗等的《基于藏醫(yī)血隆病系統(tǒng)的數(shù)據(jù)挖掘》（《中國民族醫(yī)藥雜志》第7期）和《藏醫(yī)血隆病的辨病因子規(guī)律初探》（《西部中醫(yī)藥》第10期）。這些研究應用了專家訪談法、醫(yī)學統(tǒng)計學、文獻計量學、數(shù)據(jù)挖掘方法等多學科的方法，對來源于文獻、專家意見、臨床資料的血隆病辨證、診斷等相關(guān)信息進行研究，真實地反映了藏醫(yī)臨床與診療的關(guān)系和藏醫(yī)藥理論體系的特點。羅艷秋等的《藏醫(yī)尿診的數(shù)量分類學研究》（《云南中醫(yī)學院學報》第5期）探討運用數(shù)量分類學的原理和方法對藏醫(yī)尿診性狀進行分析，提出傳統(tǒng)分類方法應與現(xiàn)代分類方法相結(jié)合，以賦予藏醫(yī)尿診新的知識內(nèi)涵和應用價值。王璞等在《云南中醫(yī)學院學報》第5期發(fā)表《藏醫(yī)藥學毒性理論的文獻研究》，提出藏醫(yī)藥學對毒性理論的認識過程分為萌芽、發(fā)展、成熟和完善4個時期，認為毒是所有可以導致人體疾病的物質(zhì)與形式。

藏醫(yī)藥理論研究與其他學科的交叉研究方面：角巴加在《西北民族大學學報》（藏文版）第2期發(fā)表《談藏傳密宗中對“隆”（氣）的形成和演變過程》，探討宗教因素在“隆”理論的形成和演變過程中的密切影響。尕藏多杰在《中國藏醫(yī)藥》第3期發(fā)表論文《用三木丹導師胚胎發(fā)育觀點對藏醫(yī)胚胎學之探討》，評價了藏醫(yī)為胚胎學發(fā)展所做的巨大貢獻，詳細介紹了古代藏醫(yī)學對人體胚胎發(fā)育的先進認識：胚胎是逐漸發(fā)育的，按“魚期”、“龜期”和“豬期”的順序分為三個階段，在發(fā)育過程中逐漸形成各種器官；對于胎兒、臍帶和母體子宮的相互關(guān)系也有科學的認識。斗本加的《用因明學思想和現(xiàn)代辯證法淺析藏醫(yī)診治》（《中國藏醫(yī)藥》第1期），從現(xiàn)代辯證法和藏學十明文化之一的因明學的角度，對藏醫(yī)的疾病診斷學和治療學進行了深入探討。還有學者進行藏醫(yī)學與中醫(yī)學的比較研究，如拉毛加在《藏醫(yī)刃針穿刺與中醫(yī)針灸的相似性及差異性比較》（《中國民族醫(yī)藥雜志》第7期）一文中介紹，藏醫(yī)刃針穿刺與中醫(yī)針灸在理論基礎(chǔ)、治療原則、取穴分寸、穴位分布、選穴方法、操作手法、針具以及對針灸起效途徑的認識等方面，存在諸多相似性和差異性。