有關臨床實踐的藏文論文有27篇（《中國藏醫藥》25篇，《民族》2篇），漢文論文60余篇，漢文著作1部。研究的領域包括：對名老藏醫學術思想和臨床經驗的總結；藏醫師對某一疾病的認識和臨床體會；臨床病例資料的總結；與其他醫學的臨床對比研究；藏醫臨床診療方案等。本研究領域出現的新特點是：藏醫與其他醫學（中醫或西醫）的比較研究、藏醫臨床診斷和治療標準研究、藏醫婦科診療經驗體會三個方面發表的論文較多。

臨床實踐專著：《肝病催瀉及外治療法操作規程》（西藏人民出版社出版），由西藏自治區藏醫院肝病科組織編寫。該書以藏醫療法為切入點，對肝病催瀉及外治療法的治療步驟、并發癥及處理、后續治療和注意事項、療效對比等方面作了闡述。

有關名老藏醫學術思想和臨床經驗介紹的論文有4篇，分別是：《藏醫名老專家向?初稱江楚治療“查龍”經驗整理研究》（《中國民族民間醫藥》第7期）、《名老藏醫旦切先生學術思想述略（一）》（《中國民族醫藥雜志》第5期）、《名老藏醫旦切先生學術思想述略（二）》（《中國民族醫藥雜志》第6期）和《著名藏醫扎西加老師藏醫放血療法經驗概述》（《中國民族醫藥雜志》第12期）。這4項研究均受國家“十一五”科技支撐計劃“民族名老專家醫技醫術的搶救性傳承研究”課題立項資助，分別對向?初稱江楚、旦切和扎西加三位名老藏醫的臨床經驗和學術思想進行整理，并列舉典型醫案。

藏醫師對某一疾病的認識和臨床體會，以及臨床病例資料總結，這兩種類型的論文在臨床實踐類論文中所占比例最大。研究的病種包括內、外、婦、五官等各科臨床常見、多發疾病，既有西醫病名，如糖尿病、原發性高血壓、肝硬化等，也有體現藏醫特色的疾病，如四種痼疾、赤巴“砸久”病、“骨真布”等。此外，藏文發表的婦科領域的論文較以往明顯增多，主要是對女性生理、婦科常見疾病病因和治療的探討等。

與其他醫學的臨床對比研究方面，包括有關藏醫與現代醫學或中醫學對于疾病的認識和治療之間的比較，以及應用現代醫學臨床研究方法開展的評價藏醫藥對比現代醫學或中醫學的臨床療效的隨機對照試驗研究。前者如索才的《培根木布病與現代醫學對比淺談》（《中國藏醫藥》第3期），對藏、西醫在“培根木布”病的病因、治療原則和方法等方面進行了比較。后者如隨機對照試驗這一現代醫學普遍應用的臨床研究方法，是評價臨床療效和安全性的“金指標”，在藏醫領域也已得到了初步的應用。最有代表性的研究是西藏自治區藏醫院索娜拉片在《中國民族醫藥雜志》第3期發表的《藏藥“喜切11”預防高原產后出血的臨床研究》，于2005—2007年在西藏自治區藏醫院、拉薩市人民醫院、拉薩市婦幼保健院三家醫療機構同時開展研究，共納入960名符合條件的孕產婦，比較藏藥“喜切11”與西醫常規治療（米索前列醇片）預防產后出血的療效和安全性，采用隨機雙盲雙模擬對照的研究方法。研究結果顯示，藏藥“喜切11”對預防產后出血確有明顯的功效，副作用少，說明該藥有推廣應用及進一步研究的價值。美國猶他大學醫學院婦產科（University of Utahs Department of Obstetrics and Gynecology）的Michael W. Varner教授等作為這項研究的主要參與者，將研究結果發表于國際婦科專業期刊（Suellen Miller， Carrie Tudor， Vanessa Thorsten， et al. Randomized Double Masked Trial of ZhiByed 11， a Tibetan Traditional Medicine， Versus Misoprostol to Prevent Postpartum Hemorrhage in Lhasa， Tibet. J Midwifery Womens Health. 2009； 54［2］： 133-141.）。此外，吉太加在《中國民族醫藥雜志》第7期發表論文《藏藥風濕止痛丸對RA“骨真布”關節腫脹的療效評價研究》；劉志勤等在《臨床薈萃》第10期發表論文《藏藥七十味珍珠丸治療高原地區阿爾茨海默病患者的療效分析》，均采用了隨機對照試驗的研究方法，將藏藥七十味珍珠丸與西醫治療相比較，評價藏藥的療效和安全性，為臨床提供循證醫學的證據。

制定臨床診療方案，有助于規范臨床診療行為，促進藏醫標準化。共有6個藏醫臨床診療方案的發布，即萎縮性胃病（《中國藏醫藥》第1期）、“薩捉”病（《中國藏醫藥》第2期）、“培根木布”（胃潰瘍）診療方案（《中國民族醫藥雜志》第7期）；“叱乃”（痛風）病的藏醫特色診療方案（《中國民族醫藥雜志》第7期）；肝硬化的藏醫治療方案（《中國民族醫藥雜志》第11期）；“直侯”病藏醫臨床診療標準研究（《長春中醫藥大學學報》第5期）。其中，萎縮性胃病和“薩捉”病由青海省藏醫院組織編寫，經青海省藏醫學會審定發布，屬于藏醫藥行業標準的范疇。其他診療方案均為研究者根據藏醫經典著作的記載，結合現代醫學的診斷治療方法，以及個人的臨床經驗制定。