藏醫藥基礎領域的研究涉及藏醫文獻整理與研究、基礎理論介紹與探討等方面，內容豐富。共有2部專著出版，40余篇論文發表。

貢卻堅贊主編的《藏醫藥學科研設計與方法》由民族出版社出版，系青海大學藏醫藥學專業研究生試用系列教材，主要介紹了藏醫藥科學研究的常用設計與方法。白張編著的《藏醫神經解剖學概論》由西藏人民出版社出版，系統介紹了藏醫對人體神經解剖系統的科學認識。

藏醫文獻整理與研究方面，共有8篇論文：蘭杰等的《〈大藏經〉醫學理論及其與蒙醫學淵源關系的述評》（《內蒙古醫學院學報》第6期）一文，根據清代末期印行的頻伽精舍校刊本《大藏經》中秘密藏、雜藏和小乘經等經文中涉及的醫學理論和臨床治療內容，描述其醫學理論的全貌，以及對蒙醫學形成與發展的影響，為讀者了解《大藏經》的醫學理論和觀點提供了文獻支持。拉毛才讓的《與藏醫古籍整理有關的幾個問題略談》（《中國藏醫藥》第1期），提出了藏醫古籍文獻整理亟待解決的五個問題：藏醫古籍數量的確定；古籍文獻的年代界定；藏醫古籍整理的演變和發展歷程；古籍整理的定義、內容和方法；古籍整理發行的重要性。陳德道等的《藏藥“生等”的基原與臨床應用之文獻調查》（《中國中藥雜志》第20期）和《藏藥“桑蒂”基原與臨床應用的文獻研究》（《西部中醫藥》第4期），通過檢索文獻資料對藏藥“生等”和“桑蒂”的基原、代用品來源、資源、化學成分、臨床應用歷史與現狀進行文獻考證研究。董燕飛等的《〈中國藥典〉藏藥成方制劑的不良反應文獻分析》（《云南中醫學院學報》第4期），檢索2010版《中華人民共和國藥典》收錄的20種藏成方制劑的不良反應臨床相關文獻，共收集到20種藏成方制劑的不良反應相關文獻51篇，對資料進行整理和分析后的結論認為，部分藏成方制劑可引起不良反應，偶見過敏反應，建議臨床使用過程中引起重視。杜玉華等的《廣東、海南及港澳地區藏藥古籍文獻的普查》（《中國民族民間醫藥》第8期），查閱了廣東、海南及港澳地區的各級各類圖書館、博物館、寺廟圖書目錄，未發現有關藏醫古籍紙質版的收藏之跡。還有2篇碩士學位論文：尕藏扎西的《工竹札記的診治特點研究》（青海大學碩士學位論文），采用文獻資料研究和實地考察相結合的方法，探討分析了藏醫臨床典籍《工竹札記》的診治特點和應用現狀；劉斌的《云南民族醫藥治療肝病的文獻收集整理研究》（云南中醫學院碩士學位論文）采取文獻研究為主、實地調研為輔的研究方法，較全面地收集云南民族醫藥治療肝病的文獻資料，對云南民族醫藥治療肝病的基礎理論（主要為傣醫、藏醫、彝醫）以及云南民族醫藥治療肝病的單驗方及藥物進行了收集整理研究。

對藏醫理論的介紹和探討方面的論文相對較多，主要集中于生理、病理、診斷、文獻、藏藥理論等方面，共有30余篇。傳統的藏醫理論知識介紹類論文，如平康尼瑪次仁的《淺談藏藥的服法》（《中國藏醫藥》第1期）、彭毛多杰等的《略論藏醫學對尿診的認識》（《中國藏學》第4期）、次仁的《淺談藏醫藥浸浴（溫泉及藥浴）療法的特色及療效》（《西藏科技》第11期）、次仁德吉等的《淺談藏醫學對人體健康與壽命的認識》（《西藏科技》第12期）、冰瓊等的《淺談藏醫保健學》（《中國民族醫藥雜志》第5期）、澤翁擁忠的《淺析藏醫三因學說》（《中國民族民間醫藥》第10期）等。藏醫基礎理論探討和考證類的論文，如卡著措的《隆病、白脈病及星曜病（中風）癥狀對比研究》（《中國藏醫藥》第1期）、措吉的《“癘”的詞義及癘病解析》（《中國藏醫藥》第3期）、普措多杰的《藏醫學典籍所述五根風研究》（《中國藏學》藏文版第3期）、白瑪羅布的《傳統藏醫學對“隆”病的認知及診療特色》（《中國藏學》第4期）、次仁德吉《藏醫腫瘤病因學研究》（《西藏研究》藏文版第4期）、南加太的《探討藏醫病機學的生理與病理特性》（《中國民族醫藥雜志》第10期）、次仁央金的《藏醫養生保健的初步研究》（《中國民族民間醫藥》第18期）等。3篇論文屬于藏醫學與其他醫學的比較研究，包括劉連續等的《中蒙藏醫在飲食營養衛生學方面的貢獻》（《中國民族醫藥雜志》第3期）、卓瑪草的《如何認識藏醫疫病與現代免疫學之差異》（《中國民族醫藥雜志》第3期）、李杰的《中藏醫體質學內涵比較研究》（《中國民族醫藥雜志》第10期）。值得一提的是，有3篇論文探討了現代醫學科研方法或其他學科方法在藏醫領域的應用前景，如李杰的《藏醫尿診與代謝組學關系研究的探討》（《中國民族醫藥雜志》第4期），認為藏醫尿診是一個既獨特又具有科學價值的診斷方法，但缺乏微觀化的研究，將代謝組學技術應用于藏醫的尿診研究，進行藏醫傳統尿診理論與代謝組學的比較研究，力爭在整體的前提下又做到精細測量，不僅能夠提升藏醫尿診的科學價值，進而與藏醫理論緊密聯系，有可能為藏醫理論的客觀化、定量化開辟一條嶄新的途徑。才讓南加等的《數據挖掘技術在藏藥方劑配伍規律研究中的應用思考》（《中國中藥雜志》第16期）借鑒中藥方劑配伍規律和相關領域的研究方法，結合藏醫藥學自身的特點，首次提出通過數據挖掘技術研究藏藥方劑配伍規律的研究思路與方法，認為數據挖掘技術能幫助研究者在不背離藏醫藥自身理論框架的前提下發現藏藥方劑的配伍規律和思路。貢卻堅贊的《論藏醫藥研究中應用因明學因果論的必要性》（《中國藏醫藥》第4期），提出藏醫藥研究在適當引用西醫科研方法的同時，也可與傳統的因明學因果論相結合，從而更有利于研究的深入。