2009年度在古籍文獻的整理和出版方面，中國藏學出版社繼續出版了由百慈藏文古籍研究室編的《先哲遺書》之《隆欽繞降智麥威賽文集》（第1—26卷），《卓尼·扎巴謝珠文集》（第1—18卷），四世班禪的的《第四世班禪文集》（第1—5卷）等。

民族出版社出版了色拉寺、大昭寺佛教古籍搜集整理室整理的《五世達賴喇嘛阿旺洛桑嘉措文集》（第1—25卷），《米朗白菩提道次釋》和其美擁珠主編的《色拉班智達·扎頓巴·噶桑丹巴將參文集》（第1—8卷）。

四川出版集團，四川民族出版社出版了果洛州古籍工作領導小組辦公室收集整理的《衛薩·堪卓文集》（第1—6卷）。司徒·曲吉窮乃的《甘珠爾編纂史·顯密文庫（第四卷）》（四川出版集團、四川民族出版社）一書是德格版藏文大藏經《甘珠爾》的編纂史，為大藏經《甘珠爾》版本中收錄最完整的編纂史，內容涉及佛教宇宙觀、釋迦牟尼創教和傳教的過程、德格土司支持刻印大藏經、司徒大師編纂目錄等，主要講述了《甘珠爾》叢書的印藏佛教傳承史、佛教文獻、分類編目、文獻檢索，歷代印藏高僧大德翻譯、校勘等編纂全過程。仁增·久美的《舊譯續藏編纂史·藏密文庫（第三卷）》（四川出版集團，四川民族出版社）記述了舊譯續藏文獻經典匯編《舊譯續藏》叢書的印藏佛教發展史；藏傳密宗的發展、內容及其分類編目；歷代寧瑪派高僧大德收集、校勘、翻譯、注釋、刊刻等編纂全過程。

德吉卓嘎編《巴協匯編》（民族出版社）收錄了藏文史學古籍《巴協》四個不同的手抄本，其中詳細記載了吐蕃時期怎樣從漢地、印度地區引進佛經、翻譯佛經、建造寺廟等情況，是研究吐蕃歷史的重要文獻。