海外民族文獻研究所成立于2005年，主要職責是研究和整理出版流失海外的中國古代少數(shù)民族文獻和藝術品，為學校的學科建設服務。研究所的發(fā)展目標是：努力建設成為我國有較高知名度的民族文獻研究中心，并為搜集保存我國流失海外敦煌西域民族古文獻學術資源最為完備的數(shù)字化資料和文獻中心；開展國際學術交流，建立高素質(zhì)的學術研究隊伍，完成一批有影響的學術科研成果。目前，研究所有才讓教授、嘎藏陀美教授、敖特根教授、扎西當知教授、張秀清教授等專職研究人員6人。其中，博士生導師3人，碩士生導師4人。才讓教授被評為甘肅省高校跨世紀學科帶頭人、甘肅省跨世紀學術技術帶頭人“333科技工程”第一、二層次人選、甘肅省領軍人才、國家民委領軍人才，嘎藏陀美教授被評為“國家民委突出貢獻專家”，扎西當知教授入選“教育部新世紀優(yōu)秀人才計劃”。

2008年成立中國敦煌吐魯番學會少數(shù)民族文字專業(yè)委員會，秘書處設在本所。2011年獲批國家民委人文社科研究重點基地——西北民族文獻研究基地，2016年“敦煌少數(shù)民族文獻研究”入選國家民委創(chuàng)新團隊計劃等。

本所自2006年起，與上海古籍出版社、法國國家圖書館和英國國家圖書館合作，整理出版大型文獻集成《法藏敦煌藏文文獻》（1-22冊）《英藏敦煌藏文文獻》（1-9冊），并與俄國冬宮博物館合作出版了《俄藏黑水城藝術品》《俄藏希克沁藝術品》等重要研究資料。已完成國家社科基金項目7項，現(xiàn)主持國家社科重大招標項目“藏傳佛教大辭典”、教育部哲學社會科學重大課題攻關項目“藏文歷史著作總目提要”、國家社科重點項目“敦煌藏文文獻數(shù)據(jù)庫”，及國家社科一般項目4項等。